Asocijalizacija zaposlenika
Jedna od najvećih teškoća poslovanja u virtualnom uredu je nedostatak socijalnog kontakta s kolegama koja se može riješiti povremenim sastancima i zajedničkim neformalnim druženjima zaposlenika. U direktnom kontaktu s kolegama zaposlenik lakše rješava moguće probleme nego samostalno kod kuće. Tu je također i problem težeg napredovanja radnika zaposlenih u virtualnim uredima. Zaposlenici koji rade kod kuće imaju veću kvalitetu života u smislu da ne moraju rano ustajati kako bi krenuli na posao.

Nemogućnost samodiscipline
Za zaposlenika je izazov u efikasnom planiranju i korištenju radnog vremena. Zaposlenik koji radi od kuće ima slobodu u planiranju i korištenju radnog vremena, no to zahtijeva veću osobnu disciplinu i odgovornost te je potrebno dobro strukturiranje poslovnog i privatnog vremena. Bitno je da zaposlenik voli posao koji obavlja kako ne bi izgubio motivaciju u funkciji vremena.

Dostupnost u bilo koje vrijeme
Fleksibilno radno vrijeme može biti prednost ali i nedostatak za zaposlenika koji radi od kuće ako se radni dan pretvori u 24 sata. Fleksibilno radno vrijeme od zaposlenika podrazumijeva stalnu dostupnost uključujući slobodno vrijeme, vikende i godišnji odmor. Teškoće također mogu nastati ako zaposlenik koji radi kod kuće nema riješenu obiteljsku situaciju ili stambeno pitanje.