Ulazak Slovenije u EU donio je slovenskim poduzećima izazove pri osvajanju tržišta. Općenito, smatra se da je preuzimanje vanjskotrgovinskog režima EU neposredno utjecalo prvenstveno na Slovenski izvoz u Makedoniju i BiH s kojima su nakon ulaska prestali vrijediti sporazumi o slobodnoj trgovini. Prestanak valjanosti sporazuma o slobodnoj trgovini nije bitno utjecao na slovenski izvoz u Hrvatsku jer su u njemu relativno jače zastupljeni proizvodi s kojima je trgovina s Hrvatskom već slobodna. Usporedba Hrvatske i Makedonije pokazala je da je učinak preuzimanja zajedničke trgovinske politike EU na slovenski izvoz u Makedoniju veći nego u slučaju izvoza u Hrvatsku, bez obzira na to što imaju obje države imaju potpisan stabilizacijsko-pridružbeni sporazum s EU. Naime, pri izvozu u Makedoniju relativno veći udio predstavljaju poljoprivredno-prehrambeni proizvodi, za koje su vrijedile carinske daće koje su se nakon 1. svibnja 2004. za uvoz iz Slovenije u većini slučajeva promijenile. Investicije u Hrvatskoj vrlo su zanimljive slovenskim tvrtkama. Dapače, hrvatsko je tržište jedno od najzanimljivijih za slovenske ulagače, pa Hrvatska ostaje na prvom mjestu po vrijednosti slovenskih neposrednih ulaganja u inozemstvu. Prema slovenskim statističkim podacima je u godini 2005. zabilježeno najviše slovenskih ulaganja u Republiku Hrvatsku. Njihova je vrijednost krajem 2005. dostigla 789,3 milijuna eura (26,6 posto svih ulaganja Slovenije u inozemstvu, odnosno 47,1 posto svih na području jugoistočne Europe, 1. mjesto na ljestvici najprivlačnijih država, kamo slovenska poduzeća najmasovnije investiraju (ispred Nizozemske, Srbije i Crne Gore, BiH i Poljske).

U 2004. godini su slovenska poduzeća imala prema podacima Banke Slovenije na dan 31.12. 2004. u Hrvatskoj za 672,2 milijuna eura neposrednih ulaganja (30,6 posto svih ulaganja Slovenije u inozemstvu, odnosno 52,5 posto svih na području jugoistočne Europe, 1. mjesto na ljestvici najprivlačnijih država, kamo slovenska poduzeća najmasovnije investiraju (ispred Srbije i Crne Gore, Nizozemske, BiH i Poljske). U razdoblju od godine 1993. su slovenska ulaganja u Hrvatskoj prema podacima hrvatske statistike dostigla 531,7 milijuna eura što Sloveniju svrstava na deveto mjesto među stranim investitorima u Hrvatskoj. Opseg slovenskih investicija je 2006. bio najniži nakon 1999. godine te je iznosio svega 2,2 % svih stranih investicija u Hrvatskoj (godine 2005. još 8,1%). Hrvatska je država u koju Slovenija usmjerava zaista najviše svojih polaznih investicija (godine 2005.: 26,6 posto). Struktura slovenskih ulaganja u Republici Hrvatskoj bila je prema podacima Narodne banke Hrvatske sljedeća: 33,69 posto kumulativne vrijednosti ulaganja u razdoblju od 1993 – 2004. usmjereno je u trgovinu na malo, 16,97 posto u trgovinu na veliko i posredništvo, 15,51 posto u trgovinu motornim vozilima, 7,32 posto u proizvodnju hrane i pića, 6,41 posto u hotele i restorane, 3,77 posto u proizvodnju strojeva i naprava, 3,09 posto u proizvodnju motornih vozila, prikolica i poluprikolica, 2,65 posto u osiguranje i mirovinske fondove, 2,52 posto u prateće i pomoćne djelatnosti u prijevozu, a 8,07 posto vrijednosti ulaganja bilo je u preostalim granama.