Ciljevi restrukturiranja državnih željezničkih poduzeća, provedenog od 2012. do 2016. nisu ostvareni, te je likvidnost tvrtki HŽ Cargo, HŽ Infrastruktura i HŽ Putnički prijevoz slabija nego prije restrukturiranja.  

Dugove tih tvrtki podmiruje država, a individualne odgovornosti za poslovanje gotovo da i nema, napominju stručnjaci Instituta za javne financije (IJF) Anto Bajo i Marko Primorac. Autori u publikaciji Restrukturiranje željezničkih poduzeća u vlasništvu RH upozoravaju da željeznička poduzeća zadnjih deset godina uglavnom završavaju s gubitkom, nekad i većim od milijarde kuna. Vladi RH stoga preporučuju smanjenje državnih subvencija za željeznicu, poboljšanje upravljanja imovinom, povećanje udjela EU fondova u financiranju infrastrukture te preusmjeravanje novca iz zajmova s cestogradnje u željezničku infrastrukturu, a posebno u strateške pravce.

 Željeznice su, nakon brodogradilišta i cesta, treći najveći korisnik državnih potpora, jamstava i subvencija. Od 2006. do 2015. dobile su 8,7 milijardi kuna potpora.  "Nažalost, visoka razina potpora i obveza željezničkih društava se ne smanjuje, što je odraz nemogućnosti vlada i uprava da provedu cjeloviti proces restrukturiranja", kaže se u analizi. Od 2000. do 2015. željeznici je odobrena 12,64 milijardi kuna državnih jamstava, uglavnom za financiranje konsolidacije, modernizacije i restrukturiranja.

 U posljednjih 10 godina prijevoz robe na hrvatskim prugama smanjen je za 39 posto. U svega tri godine, između 2010. i 2012., bilježi se i 40 posto manje putnika. Autori smatraju kako treba revidirati politiku plaća u željezničkim poduzećima i utvrditi stvarne troškove zaposlenih, riješiti se velikih zaliha, restrukturirati povezana društva, odrediti rok njihove privatizacije i odlučiti koji će dio ostati u vlasništvu države.  

"Stječe se dojam da je od 2006., kad je restrukturiranje počelo unutar pristupnih pregovora s EU-om, veći naglasak na formalno-pravnim promjenama zbog usklađivanja s EU-om, nego na stvarnoj potrebi restrukturiranja", navodi se u analizi IJF-a.  Bajo i Primorac iznijeli su i podatak kako gubitak grupe HŽ-ovih poduzeća u 2012. i 2013. iznosi više od milijarde kuna, ali i da su gubici od 2014. značajno smanjeni.  Obveze željezničkih društava u vlasništvu RH od 2005. do 2015. pridonijele su povećanju javnog duga za 8,4 milijardi kuna.