Nedovoljan broj zaposlenih u nacionalnim parkovima, te izostanak suradnje među institucijama glavni su razlozi zbog kojih je državna revizija ocijenila da je zaštita prirode i bioraznolikosti u nacionalnim parkovima samo djelomično učinkovito.

Od osam nacionalnih parkova analizirana su četiri – Krka, Paklenica, Mljet i Kornati. U ta četiri parka zaposleno je 302 radnika, pri čemu ih je najviše, 182, u NP Krka. Taj park ima i najveće prihode od vlastitih aktivnosti, 56 od 58 milijuna kuna prihoda, te pokriva potrebe za financiranje plaća. Sličan je slučaj i s NP Mljet, koji ima 58 zaposlenih, no, problem su NP Kornati koji umjesto predviđenih 101 ima tek 29 radnika, a NP Paklenica ima 33 od predviđenih 72 radnika. Pri tom je poseban problem što nedostaje stručnih djelatnika, pa u oba parka ih imaju tek po tri, a u NP Kornati izražen je problem manjka djelatnika u službi nadzora. 

No, revizijom je utvrđeno i da stvarna površina NP Krka i NP Paklenica odudaraju od prostornog plana, a među prijetnjama za očuvanje prirode i bioraznolikosti u nacionalnim parkovima navode se neriješeni imovinsko-pravni odnosi u parkovima Krka, Mljet i Paklenica, bespravno sagrađeni objekti u Kornatima i Mljetu, nejasno označene granice zaštićenih područja. Posebno zabrinjava slaba zaštita od požara, pa Državna revizija savjetuje da se u parkove Kornati i Krka postavi telemetrijske protupožarne video kamere. Revizori potiču i na razmatranje košenja livada, te mogućnosti izrade programa revitalizacije poljoprivrede i stočarstva na području parkova.

Ministarstvu zaštite okoliša državna revizija nalože je ubrzanje donošenja Pravilnika o upravljanju nacionalnim parkovima, jer, upozoravaju, analizirani parkovi ili nemaju planove upravljanja ili oni ne sadrže jasne ciljeve i pokazatelje kojima bi se pratilo njihovo ostvarivanje. Dio zamjerki Ministarstvo zaštite okoliša u odgovoru revizorima najavljuje riješiti kroz novu Strategiju i akcijski plan zaštite prirode, koji će izraditi do konca ove godine.