Projekti financirani iz EU fondova do 1. su srpnja bili oslobođeni plaćanja PDV-a koji se mogao prijaviti kao dozvoljeni trošak samo u iznimnim situacijama, uz posebne dokaze da se nije mogao izbjeći.

Radilo se o projektima financiranim iz programa IPA, ali i programa Unije kao što su Okvirni program 7, Program za konkurentnost i inovacije i brojnim drugima u kojima je Hrvatska sudjelovala kao ravnopravni partner. Prema novom Zakonu o PDV-u, kako donosi euro-projekt.hr, na pružanje usluga i nabavu dobara u sklopu projekata financiranih od EU, PDV se ne obračunava samo na projekte po ugovorima koji su sklopljeni prije dana stupanja na snagu novog Zakona o PDV-u. Za sve ugovore sklopljene kasnije, primatelj novaca iz EU fondova mora platiti PDV, odnosno Zakon i Pravilnik ne predviđaju oslobođenje za EU i druge međunarodne projekte.

U procesu traženja oslobođenja od dobavljača, korisnik mora dostaviti presliku stranice ugovora iz koje se vide podaci o potpisniku ugovora, naziv projekta, broj ugovora, kao i iznos primljene potpore ovjeriti svojim pečatom i dostaviti sve navedene dokumente isporučitelju usluga. Preslika stranice se dobija od državnog tijela nadležnog za projekt.

Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta navodi da se postojeći ugovori, koji su prethodno sklopljeni i ovjereni prije dana stupanja na snagu Zakona o porezu na dodanu vrijednost 26. lipnja, ponovno ne ovjeravaju. Kod prijave novih projekata u programima u kojima PDV nije odobriv trošak, korisnicima se preporuča da razmisle o izvoru financiranja za ovaj dio troška. Prema prijedlozima za sljedeću financijsku perspektivu u strukturnim fondovima i programu Horizont 2020, PDV će u načelu predstavljati odobriv trošak te ga je potrebno uračunati u projektni proračun.