Ratni načelnik Glavnog stožera Armije BiH zaprijetio je predsjedniku srpskog entiteta Miloradu Dodiku da će biti eliminiran ukoliko nastavi prijetiti raspadom zemlje i ponižavati Bošnjake, na što je Dodik odgovorio da je Halilović marginalni političar čije prijetnje ne doživljava ozbiljno.

"On mora znati da mu Srbija i Crna Gora više ne mogu pomoći. On mora znati da nema više HVO-a i Hrvatske vojske, ni Tuđmana u Zagrebu ili Miloševića u Beogradu. Ako nas Dodik bude naljutio, mi ćemo s njim završiti po kratkom postupku“, rekao je Halilović u intervju za TV1 iz Sarajeva. Pojasnio je da Dodik stalno ponižava Bošnjake prijetnjama o raspadu zemlje što mu, tvrdi, Halilović neće poći za rukom. Bivši načelnik Glavnog stožera Armije BiH dodao je da je Dodik "proizvod međunarodne zajednice i da si se oni trebali baviti s njim".

Predsjednik RS-a Dodik je pak, gostujući u nedjelju u programu BN televizije iz Bijeljine, ustvrdio kako su Halilovićeve izjave "prijetnje marginalca, minornog i mizernog političara". Po njemu Halilović na taj način pokušava popraviti svoj politički rejting. Dodik se požalio kako stalno dobiva prijetnje, te da nije jednostavno voditi politiku pod stalnim pritiscima.

Sefer Halilović procesuiran je od 2001. pred Haškim sudom (ICTY) zbog ratnih zločina Armije BiH nad Hrvatima u sjevernom dijelu Hercegovine, ali su 2005. optužbe protiv njega odbačene a on je oslobođen.