Pacijent je bio tridesetdevetogodišnji muškarac koji je živio u ruralnom području u blizini Houstona u Texasu. Vario je i u jednom trenutku više nije mogao disati; iskašljao je krv i počeo povraćati. U hitnoj su ustvrdili da mu je tlak opasno nizak i da mu srce ubrzano kuca. Liječnici su mu intravenozno dali antibiotik i hitno ga prevezli u Metodističku bolnicu u Houstonu.

Uvečer 4. lipnja primljen je u bolnicu; umro je dva i pol dana kasnije. Nakon obdukcije posumnjalo se u bedrenicu, od koje su 2001. godine strahovale Sjedinjene Američke Države. “Znali smo da taj slučaj moramo što prije riješiti”, prisjeća se James Musser, voditelj odjela patologije i genomičke medicine pri Sveučilišnoj metodističkoj bolnici u Houstonu. “Pokrenuli smo postupak sekvenciranja genoma.” Sekvenciranje prvog bakterijskog genoma započelo je 1995. godine i trajalo 13 mjeseci, a danas se isti postupak provodi u tek nekoliko dana. I trošak sekvenciranja opao je s preko milijun dolara na 1000 dolara po genomu. Brzim sekvenciranjem genoma znanstvenici mogu stvoriti svojevrsnu kartu kretanja uzoraka bolesti, provesti mjere predostrožnosti protiv bolesti u začetku, kao što su gripa, bolesti koje se prenose hranom i SARS, te testirati bakterije otporne na antibiotike. Musser i njegovi kolege doznali su da se ne radi o bakteriji antraksa, već o srodnoj bakteriji, Bacillus cereus. Te su bakterije imale iste toksinske gene kao i antraks, ali su sadržavale tek jedan od četiri virusa koje sadrže bakterije antraksa i koji jačaju njihovu toksičnost. Te se bakterije obično nalaze u zemlji i najčešće nisu opasne. Zašto se onda ovaj muškarac tako razbolio? Prema Musserovim riječima, varioci su nadprosječno skloni infekcijama dišnih puteva, najvjerojatnije zato što im pluća nadražuju sićušne čestice metala. Matthew Waldor s Medicinskog fakulteta Sveučilišta Harvard, kaže da nova tehnologija sekvenciranja genoma “iz temelja mijenja sve razine mikrobiologije”. Riješili su i tajnu pojave kolere na Haitiju, koja je tu otočnu državu nakon lanjskog potresa pogodila nakon više od sto godina. Sekvenciranjem je, naime, dokazano da je haićanski soj kolere drukčiji od bakterije kolere u Latinskoj Americi te istovjetan onoj južnoazijskoj.

Mnogi su volonteri na Haiti došli iz južne Azije, gdje je kolera endemska bolest. “Jedno ili dvoje Azijaca koleru je najvjerojatnije donijelo na Haiti”, kaže Waldor. Eric Schadt, voditelj odsjeka za genetiku na Medicinskom fakultetu Mount Sinai pri Sveučilištu u New Yorku i voditelj znanstvenih istraživanja u tvrtki Pacific Biosciences, namjerava načiniti prognostičke karte za kretanje bolesti. Nekoliko je mjeseci tvrtka Pacific Biosciences analizirala genome mikroba na površinama kao što su radni stolovi i zahodske daske. Kad je krenula sezona gripe, na tim se površinama skupljalo sve više dominantnih sojeva gripe, sve do vrhunca sezone, kad se virus gripe našao na svakoj površini. Uzeo je uzorke i u svojem domu i zaprepastio se kad je otkrio da na ručki hladnjaka ima mikrobe koji parazitiraju na peradi i svinjetini. Razlog tome jest, kako je kasnije shvatio, to što ljudi izvade meso iz hladnjaka, naprave sendvič i potom neopranim rukama vrate meso u frižider. David Relman, profesor medicine, mikrobiologije i imunologije na Sveučilištu Stanford u Kaliforniji, bavi se velikim brojem mikroba koji žive na ili u ljudskom tijelu. U ljudskom tijelu, kaže Relman, ima znatno više bakterijskih gena nego ljudskih gena, no ako su te goleme zajednice mikroba toliko bitne za zdravlje kako znanstvenici tvrde, što se događa kad ljudi piju antibiotike? Putem brzog sekvenciranja genoma svih mikroba u uzorcima stolice Relman je otkrio da se mikrobi vraćaju, ali da zajednica mikroba nije jednaka kao što je bila jer su je antibiotici poremetili. Ako osoba isti antibiotik popije i drugi put, najkasnije šest mjeseci nakon prve doze, mikrobima treba znatno više vremena da se vrate, a njihova je zajednica još nestabilnija. “Sve se događa uz određenu cijenu”, kaže. “Problem je u pronalasku prave ravnoteže. S obzirom na to da smo liječnici, nismo se pitali koliku će cijenu platiti zdravlje naših mikrobnih ekosustava.”

Gina Kolata