U Hrvatskoj postoje čak 44 državne agencije koje godišnje ostvaruju 4,5 milijardi kuna prihoda s čak milijardu kuna viška.

U posljednje tri godine u državnim agencijama znatno raste i broj zaposlenih, kao i bruto plaće, pokazala je analiza Instituta za javne financije (IJF). Autori Anto Bajo (IJF) i Maja Kolarec s Ekonomskog fakulteta u Zagrebu Vladi i Saboru stoga predlažu da razmisle o spajanju pojedinih agencija te uvedu obvezu transparentna poslovanja. Napominju da je najveći broj državnih agencija u RH osnovan pod utjecajem procesa pridruživanja EU, bez cjelovite strategije ili detaljnog akcijskog plana Vlade za reformu ili razvoj državne uprave. Štoviše, mjesto kvalitetne procjene opravdanosti njihova poslovanja, Vlada 2014. osniva dvije nove agencije.  

Od ukupno 44 agencije, najveći broj njih (34) su korisnici državnog proračuna (AZTN, HAMAG, SOA, HIDRA), osam je neprofitnih organizacija koje se financiraju izvan proračuna (Agencija za obvezne zalihe nafte i naftnih derivata, HANFA, HERA, HAKOM, Agencija za civilno zrakoplovstvo…), a dvije su trgovačka društva, FINA te Hrvatska agencija za lijekove (HALMED). Iako je ove godine Vlada planirala u državni proračun uključiti pet od osam neprofitnih agencija, umjesto toga osnivala je dvije nove agencije (Agenciju za ugljikovodike i Agenciju za ozakonjenje nezakonito izgrađenih zgrada). Agencije zapošljavaju oko 6000 djelatnika, imaju godišnji proračun veći od 4 milijardi kuna, a financijska imovina značajno nadilazi njihove obveze.

Autori napominju da je malo dostupnih informacija o njihovu financijskom poslovanju i uspješnosti u pružanju usluga, a visoka razina prihoda dovoljan razlog da Vlada preispita politiku utvrđivanja visine naknada koje naplaćuju od pravnih osoba.Najveće prihode ostvaruje osam neprofitnih agencija, oko 2 milijarde kuna u 2012. i 2013. Proračunske agencije ostvaruju oko 1,5 mlrd. kuna godišnjih prihoda (od kojih se većina uplaćuje u državni proračun), a FINA i HALMED oko 880 milijuna kuna. Stanje viškova raste godišnje za oko milijardu kuna, što vodi do akumulacije viškova na računima agencija u iznosu od 7 milijardi kuna. U strukturi financijske imovine, koja iznosi više od 10 milijardi kuna, dominiraju dionice i udjeli (2,5 mlrd. kn) te potraživanja za prihode (2,6 mlrd. kuna). Na vrijednosnw papire i zajmove odnosi se oko 4 mlrd. kuna. Agencije u banci imaju oko 750 milijuna kuna, a kad se doda oko 330 milijuna depozita, ispada da su početkom 2013. imale oko milijardu kuna likvidne financijske imovine.

U neprofitnim je agencijama gotovo 70 posto financijske imovine, a najbolje stoje Agencija za obvezne zalihe nafte i naftnih derivata (HANDA), DAB i HAKOM. U posljednje tri godine u većini agencija primjetan je rast broja zaposlenih, a rastu i plaće. Prosječna bruto plaća po zaposlenom u 30 državnih agencija proračunskih korisnika je oko 10 tisuća kuna i znatno je niža od bruto plaća djelatnika zaposlenih u neprofitnim (prosjek 16.000 kuna), izvanproračunskim agencijama i agencijama u statusu trgovačkog društva. Najveće bruto plaće imaju zaposlenici Hrvatske agencije za civilno zrakoplovstvo (CCAA) i HAKOM-a, a najniže u HERA-i i Hanfi. Bruto plaće znatno se razlikuju i u dvjema agencijama u statusu trgovačkog društva: u Fini su 7806 kuna, a u HALMED-u čak 18.296 kuna.