Prema izrađenom prijedlogu financijskog paketa za Hrvatsku, nepovratna sredstva za vodno gospodarstvo koja će biti na raspolaganju za 2012. i 2013. iznose oko 330 milijuna eura, a točan iznos znat će se nakon okončanja pristupnih pregovora. Budući da Europska unija financira do 85% potrebnih sredstva, ostatak će se morati osigurati nacionalnim financiranjem.

Točan iznos sufinanciranja definira se za svaki pojedinačni projekt prema posebnoj formuli. Realno se nepovratni iznosi kreću od 55 do 75%, ovisno o projektu, što znači da će Hrvatska dodatno na iznos nepovratnih sredstava morati osigurati još oko 100 milijuna eura, odnosno ukupna alokacija sredstava iznosit će više od 430 milijuna eura samo za dvije godine. Za stjecanje stvarnih prava vezanih uz povlačenje alociranih sredstava potrebno je kao i u slučaju pretpristupnih programa izraditi programske dokumente (Nacionalni strateški referentni okvir, Operativni program “Okoliš i energetika”), odrediti tijela koja će sačinjavati strukturu odgovornu za upravljanje raspoloživim sredstvima, koja pak trebaju proći postupak potvrđivanja akreditacije kojim će dokazati da posjeduju potrebnu organizaciju, broj ljudi i znanja koja im omogućuju povlačenje raspoloživih sredstava u skladu s procedurama Europske unije, pripremiti konkretne projekte sukladno procedurama Europske unije. Hrvatske vode izradile su prijedlog indikativnog popisa projekata koje treba pripremiti do 2012. godine, a na kojem se nalazi 36 projekata ukupne vrijednosti od oko 896 milijuna eura. Od ovog iznosa sedam je projekata regionalnih vodoopskrbnih sustava u ukupnom iznosu od 328 milijuna eura, dok su ostali projekti projekti zaštite voda koji također mogu imati komponentu vodoopskrbe, ali na razini grada, odnosno postojećeg sustava. Priprema projekata s indikativnog popisa uključuje pripremu projektnih aplikacija s pripadajućom studijskom dokumentacijom i pripremu projektne dokumentacije sukladno nacionalnim propisima, zatim rješavanje imovinsko-pravnih odnosa te ishođenje potrebnih dozvola. Prema preliminarnim procjenama, za pripremu projekata s indikativnog popisa do razine spremnosti za postupak ugovaranja potrebno je ukupno uložiti 223,6 mil. kuna, što će se osigurati kroz planove upravljanja vodama za 2010. i 2011. godinu. Od ukupno potrebnih sredstava 48,1 mil. kuna odnosi se na izradu studijske dokumentacije, 59 milijuna kuna na izradu projektne dokumentacije za projekte javne vodoopskrbe te 116,5 mil. kuna na izradu projekata odvodnje i pročišćavanja komunalnih otpadnih voda. Hrvatske vode su kao nacionalna agencija s dugom tradicijom kvalitetno ustrojene i teritorijalno su svuda zastupljene, što ih komparativno čini bitno jačim od ostalih sektorskih agencija koje se sada formiraju za provedbu projekata sufinanciranih sredstvima iz fondova Europske unije.