Prema podatcima Željeznica Federacije BiH, Ministarstva prometa i komunikacija F BiH, Parlamenta F BiH i Agencije za privatizaciju, privatiziran je tek mali dio ukupnog kapitala (operator i infrastruktura) Željeznica BiH, iako su potencijalni kupci stekli dojam da se prodaje kompletna imovina. Mediji tvrde da je riječ o svojevrsnoj obmani jer su potencijalni dioničari mogli steći dojam da uz operatora kupuju i tračnice i željezničke vijadukte. Novinari sarajevskog Centra istraživačkog novinarstva zahtijevali su potrebnu dokumentaciju od mjerodavnih intitucija i iz dokumenata su zaključili kako se samo jednom, i to u fusnoti, navodi da u prodaju nije uključena infrastruktura. Prije privatizacije bilo je potrebno razdvojiti infrastrukturu od operatora, ali kako do tog nije došlo, u oglasu je objavljeno da se oglašava upis dionica kao da je riječ o cjelokupnoj imovini, rekla je Svjetlana Mujkanović, direktorica pravnog odjela Željeznica F BiH. U prvom krugu privatizacije, u kojem su mogli sudjelovati građani i zaposlenici – ali uglavnom nisu – ponuđeno je premalo certifikata. Nije prijeđen prag potreban za uspješnu prodaju i krenulo se u drugi krug privatizacije s namjerom da se tvrtka svakako proda. Na kraju, Željeznice F BiH prodane su za certifikate nominalne vrijednosti od 2,5 milijuna eura, ali njihova tržišna cijena dostizala je svega 64 tisuće eura. Većinom su ih kupovali slovenski ulagački fondovi. Željeznice Herceg Bosne prodane su za milijun eura certifikata, stvarne vrijednosti od oko 25.000 eura.

U Željeznicama F BiH kažu da je sve učinjeno po zakonu budući da je odluku donijela Vlada F BiH. Unatoč navodnoj zakonitosti procesa, ostaje pitanje koliko je utjecalo na dioničare činjenica da nisu znali kako kupuju samo operatora, a ne i infrastrukturu. Direktor Željeznica HZ Herceg Bosne Ivan Knezović tvrdi kako je informirao zaposlenike o privatizaciji. Ipak, na upisu dionica pojavili su se samo on i još neki bivši čelni ljudi željeznica i s njima povezani poslovni ljudi. Knezović je kupio 71 posto ponuđenog kapitala Željeznica HZ Herceg Bosne s certifikatima nominalne vrijednosti 5 milijuna eura. Privatizacija javnim upisom dionica u javnim željezničkim poduzećima izvršena je kada su bila odvojena željeznička poduzeća u Sarajevu i Mostaru. Prije nekoliko godina poduzeća su ujedinjena u Željeznice F BiH. Član Nadzornog odbora Željeznica F BiH Dragan Čalović smatra kako je privatizacija bila velika pogreška. Pod pritiskom Agencije za privatizaciju nastojalo se prodati operatora Slovencima kako bi se ojačao, rekao je Čalović. U Agenciji za privatizaciju priznaje se da su mnoge privatizacije iz tog vremena bile sumnjive, svjesni su da je bilo određenih propusta. Privatizacija Željeznica F BiH ostavila je mnogo nepoznanica. Poluprivatizirani operater ni danas ne postoji kao zasebna tvrtka. Podjela imovine, očito, postoji samo na papiru. U dokumentaciji koja je bila dostupna novinarima Centra istraživačkog novinarstva ne može se naći potvrda o vlasništvu Željeznica F BiH nad nekretninama i drugom imovinom. Dokumentaciju je proučio i bivši predsjednik UO Agencije za privatizaciju i idejni tvorac privatizacijskog procesa u F BiH Stjepo Andrijić. On smatra kako se Vlada Federacije BiH nije smjela miješati u pojedinačne slučajeve privatizacije, kao što je bio slučaj sa željeznicama, nego je to posao Agencije za privatizaciju.