Trebalo bi svima biti jasno da svaki pokušaj prijevare fiskalnog sustava može biti prije ili kasnije otkriven. Pretpostavka je kako su prijevare moguće zbog namjernog djelovanja onih kojima fiskalizacija nije u interesu, ili zbog eventualne softverske nedorečenosti sustava. Svakako, prijevara fiskalnog sustava je kažnjiva, a prekršitelj će se kazniti sukladno Zakonu.

Ispravnost računa
Prvi primjer prijevare pokazuje softverske nedorečenosti. Fiskalizacija neko određeno vrijeme korištenja može uredno funkcionirati, a postupak se odvijati bez smetnji. Svi JIR brojevi se po tome spremaju u posebnu bazu podataka iz koje se u jednom trenutku slučajnim odabirom biraju JIR-ovi postojećih ispravnih računa i bilježe na nove, krivotvorene račune. Fiskalni softver više ne mora komunicirati s poslužiteljem PU, ali i dalje može izbacivati 'prave' račune. Kupac može plaćati uslugu i primati račun s ispravnim iznosom, ali pogrešnim JIR-om. Digitalni potpis tako postaje potpuno beskoristan jer je prijevara usmjerena protiv potrošača. Porezna uprava nikada ne vidi krivotvoreni račun i nema osnovanog razloga sumnjati u smanjenje ili prekid dotoka računa. Ni potrošač nema potrebe sumnjati u ispravnost računa. Štoviše, i dalje ga može provjeriti kod Porezne uprave i dobiti potvrdu da je sve u redu jer je JIR već prije prošao kroz sustav; pritom neznajući da je na računu JIR, prethodno već odobrenog računa.

Kriminal
To može otići tako daleko da se krivotvoreni JIR brojevi mogu uskladiti sa stvarnim prometom; moguće je napisati aplikaciju koja će JIR brojeve pridruživati sličnim računima koji su uobičajeni na nekoj poslovnoj lokaciji. Nevjerojatno bi bilo za očekivati, ali najcrnji mogući scenarij se može odigrati tako da se može razviti sustav privatnih mreža fiskalnih blagajni koje putem vlastitog poslužitelja mogu razmjenjivati odobrene JIR-ove s istim iznosima i istim datumima izdavanja te krajnje otežati provjerljivost računa. To znači da račun jednog fiskalnog obveznika završi kod drugog i obrnuto, a da svi skupa takvu povlasticu plaćaju osobi koja će to održavati. Bitno je napomenuti kako ovo pripada domeni kriminalnih aktivnostim koje će se najrepresivnije kažnjavati. Drugi, najizgledniji primjer je malvezacija s računima. Najbolji primjer su ugostiteljski objekti gdje se  nakon odlaska gostiju koji svoje račune ne uzmu, isti spremaju u "ladicu", te se ponovno stavljaju na stol drugim gostima koji naručuju jednako; npr. kavu s mijekom. Takav račun naoko je ispravan, te ako je cijena u redu, malo tko će uopće primijetiti malverzaciju, osim ako ne obrati pažnju na točno vrijeme i datum izdavanja računa. To je dokaz da vam je zapravo na stolu tuđi račun. Dio krivice za takve malverzacije snose i gosti odnosno potrošači koji bi trebali račune uzeti sa sobom, i tako otežati malverzaciju, tim više što je predviđena kazna one koji račune ne uzimaju.

Paralelne blagajne

Izdali predračun

Ovih dana je otkriveno kako neki ugostitelji izdaju račune koji to nisu jer potrošačima izdaju ponude odnosno predračune na kojima pozivaju kupca da račun preuzmu na šanku. Također, ima ih i koji su uveli fiskalizaciju, forme radi, dakle zadovoljavaju uvjete u slučaju kontrole, ali imaju paralelnu blagajnu koja nije fiskalizirana koja izdaje račune koji nemaju JIR I ZKI.