Za vodno gospodarstvo je karakteristično, ne samo u nas, da se ne ostvaruju nikakva sredstva na tržišnim osnovama. Ne proizvode se nikakvi proizvodi niti se obavljanjem poslova i javnih ovlasti u upravljanju vodama pružaju usluge za koje je moguće ostvarivati ekvivalentnu cijenu od osoba koje su korisnici u vodnom sustavu.

Korisnici se ne mogu odreći učinaka što se ostvaruju obranom od poplava i drugih oblika zaštite od štetnog djelovanja voda i zaštitom voda od onečišćenja kao i korisnih učinaka drugih vodnogospodarskih poslova, što se provode u interesu svih pravnih i fizičkih osoba. Tom se djelatnošću stvaraju uvjeti za normalan život i rad svih osoba i za obavljanje različitih djelatnosti. Stoga je sredstva za financiranje vodnoga gospodarstva moguće osigurati samo u proračunu ili iz doprinosa i naknada što ih plaćaju korisnici u vodnom sustavu. Na taj se način financiraju ove potrebe i u drugim zemljama, uz različit opseg udjela sredstava iz državnog proračuna i proračuna jedinica lokalne samouprave u odnosu na sredstva što se ostvaruju iz autonomnih parafiskalnih izvora. Sredstva od naknada se smatraju javnim prihodima i mogu se koristiti samo za namjene određene Zakonom o financiranju vodnoga gospodarstva. Ukupni prihodi i izdaci Hrvatskih voda su Planom upravljanja vodama za 2010. godinu procijenjeni na oko 2,2 milijuna kuna. U strukturi procijenjenih prihoda oko 79% čine sredstva od naknada i doprinosa, oko 16% sredstva iz Državnog proračuna, a svi ostali prihodi čine oko 5%, iz čega je razvidno da se financiranje vodnoga gospodarstva pretežito zasniva na vlastitim izvornim sredstvima. U strukturi planiranih izdataka se oko 57% odnosi na redovite djelatnosti (održavanje voda, vodnih građevina i vodnog dobra, obnova i održavanje detaljnih melioracijskih građevina, tehnički poslovi od općeg interesa za upravljanje vodama, izdaci za obranu od poplava, poslovanje i drugo), a oko 43% na kapitalne rashode i transfere (ulaganja u razvitak sustava zaštite od poplava i drugih oblika štetnog djelovanja voda, sustava javne vodoopskrbe, sustava odvodnje i pročišćavanja komunalnih otpadnih voda i sustava navodnjavanja, ulaganja u materijalnu i nematerijalnu imovinu). Troškovi poslovanja iznose manje od 10% svih planiranih izdataka.