Olako trošenje, nepotrebni krediti i kupovina skupih putničkih i teretnih vagona mogli bi građane BiH ostaviti u dugovima koje će godinama vraćati umjesto željeznica koje još ne ispunjavaju svoju ulogu, navodi se u izvješću Centra istraživačkog novinarstva iz Sarajeva posvećenog poslovanju Željeznica FBiH i Željeznica Republike Srpske. Revizorska izvješća i izvješća o poslovanju bosanskohercegovačkih željezničkih javnih poduzeća ukazuju kako je cijeli sustav izvan institucionalne kontrole. Milijuni eura se gube, dugovi se gomilaju i sve to na račun poreznih obveznika od kojih mnogi čak i ne koriste spore, prljave i neudobne vlakove. U godišnjim izvještajima o reviziji Ministarstva prometa i veza F BiH iz godine u godinu navodi se kako Ministarstvo ne čini odgovarajuće mjere kontrole namjenskog trošenja novca poreznih obveznika. Posljednja izvješća o reviziji poslovanja Željeznica F BiH i Željeznica RS upozoravaju na problem lošeg financijskog planiranja. Računovodstvena evidencija Željeznica RS u jako lošem je stanju, financijska izvješća sadržavaju mnogobrojne pogreške, dokumentacija je krivotvorena zbog čega je i Posebno tužiteljstvo RS pokrenulo krivičnu istragu protiv bivših menadžera poduzeća. Pa ipak, ni veliki gubici, a ni loše financijsko planiranje nisu onemogućili željeznička poduzeća u upuštanju u nerealno ambiciozne projekte popravke željezničke mreže kroz kreditne aranžmane europskih financijskih institucija. Od 2001. godine željeznice su podigle gotovo 350 milijuna eura kredita. Željeznička poduzeća u BiH već godinama posluju s ogromnim gubicima, a situacija će, čini se, biti sve gora. U proteklih šest godina Željeznice FBiH zabilježile su gubitak od 179 milijuna eura, a Željeznice RS od nešto preko 34 milijuna eura. Samo u prošloj godini gubitak Željeznica F BiH iznosio je 38,7 milijuna eura, a Željeznica RS 8 milijuna eura. Taj gubitak zabilježen je i usprkos visokim subvencijama iz entitetskih proračuna. Vlada F BiH izdvojila je 9,97 milijuna eura, a Vlada RS 13,8 milijuna eura. Iako većina europskih željeznica također prima subvencije od vlade, te gubi novac, ponajviše u putničkom prometu, stanje u BiH posebno je zabrinjavajuće. U 2006. godini od svakog prevezenog putnika Željeznice F BiH su zaradile 8,18 eura, a potrošile 22,5 eura pa je gubitak po prevezenom putniku prosječno iznosio 14,32 eura. Računovodstveni sustav Željeznica RS ne omogućava dobivanje pouzdanih podataka o troškovima putničkog prometa, ali se zna kako je zarada po prevezenom putniku u prosjeku 1,17 eura. Prosječan broj putnika u vlaku opada u oba entiteta, jednim dijelom i zbog veće popularnosti autobusa koji su, kako se navodi u studiji iz 2001. godine, brži, udobniji i jeftiniji nego vlakovi. Prosječan broj putnika koje su vlakovi Željeznica FBiH prevezli u 2006. godini za jednu trećinu je manji nego u 2005. godini.

U Željeznicama RS taj broj je pao sa 38 na 35 putnika po vlaku. 1,1 milijun putnika koliko su prevezle željeznice u prošloj godini, neznatan je u usporedbi s prijeratnim razdobljem. U vrijeme najveće popularnosti željezničkog prometa, još dok je BiH bila dio jedinstvene jugoslavenske željezničke mreže, broj prevezenih putnika dostizao je i broj od 19 milijuna. Obujam teretnog prometa također je smanjen za dvije trećine u odnosu na prijeratno razdoblje. Uspoređujući s drugim europskim željeznicama Željeznice F BiH su u prošloj godini umjesto povećanja zabilježile pad obujma teretnog prometa. Najveći dio prihoda željeznice ostvaruju upravo iz prijevoza tereta. Međutim, u 2006. godini prihod od teretnog prometa pao je za oko 10 posto u odnosu na godinu ranije, s 29,14 milijuna eura na 26,59 milijuna. “Očit je daleko brži rast troškova poslovanja od rasta prihoda i to traje niz godina”, navodi se u revizorskom izvješću o poslovanju Željeznica F BiH iz 2006. godine. Situacija je nešto bolja u Željeznicama RS. U 2006. godini prihod od teretnog prometa iznosio je 13,8 milijuna eura, što je pola milijuna više nego u 2005. godini. Uporedo sa gubicima i malim rastom prihoda, obje željezničke kompanije svake godine bilježe sve veće troškove. Najveći dio njih čine troškovi zaposlenih. Troškovi zaposlenih u Željeznicama F BiH za dvije godine porasli su za 7,67 milijuna eura (sa 24,54 milijuna eura u 2004. na 29,65 u 2005, te na 32,21 u 2006. godini). Za isto razdoblje u Željeznicama RS troškovi zaposlenih porasli su za 3,58 milijuna eura (sa 13,29 milijuna eura u 2004. na 14,32 u 2005, te na 16,87 milijuna eura u 2006. godini). Oba željeznička poduzeća uzimala su kredite za kupovinu putničkih i teretnih kola, popravak infrastrukture, te kako bi pokrile tekuće troškove poslovanja. Jamstva za najveći broj tih kredita odobrile su entitetske vlade, što znači da bi otplata rata, u slučaju njihovog neplaćanja, mogla ostati poreznim obveznicima. Europska banka za obnovu i razvoj i Europska investicijska banka do sada su željeznicama spremno davale kredite za obnovu infrastrukture što bi omogućilo lakši prijevoz robe kroz BiH. Portugal, Španjolska i druge zemlje također su preko svojih financijskih institucija odobravale kredite željeznicama za kupovinu novih putničkih i teretnih vagona. Željeznice F BiH već sada imaju problem s redovnim namirenjem kreditnih obveza. Tako su u 2005. godini platili 1,38 milijuna eura zateznih kamata. Čak su morali podići kratkoročne kredite u visini od 9,72 milijua eura kako bi mogli nastaviti raditi. Željeznice FBiH duguje 36,81 milijun eura za poreze na plaće, te doprinose mirovinskom i zdravstvenom fondu. Željeznice Federacije BiH vrijedile su 767 milijuna eura krajem 2003. godine, ali krajem 2006. taj iznos opao je za skoro 23 posto na 613 milijuna eura. Željeznice RS vrijedile su 260 milijuna eura krajem 2003, a na kraju 2007. godine 47 posto manje ili 138 milijuna.