Glavnim ciljevi Ministarstva zdravlja i Hrvatskog zavoda za zdravstveno osiguranje su poboljšanje dostupnosti, pravodobnosti, učinkovitosti i kvalitete pružanja zdravstvene zaštite našim pacijentima, uz osiguranje financijske održivosti sustava zdravstva. Iz tog razloga proveden je velik broj reformi: reforma primarne zdravstvene zaštite i novi model upućivanja, izlazak HZZO-a iz državne riznice reforma bolničkog sustava, te su veliki napori uloženi u informatizaciju koja pomaže kontinuiranom procesu podizanja kvalitete pružanja zdravstvene zaštite i sigurnosti pacijenata. Povlačenje sredstva iz fondova EU izuzetno je značajno kako bi se maksimalno unaprijedile zdravstvene usluge za dobrobit svih hrvatskih građana, podigla razina edukacije i poboljšali uvjeti rada za zaposlene u zdravstvu. Rad na projektima povlačenja sredstva iz fondova EU nešto što je zdravstveni management stavio na listu prioriteta.
Ulaganja se provode kroz dva Operativna programa: konkurentnost i kohezija, te učinkoviti ljudski potencijali, uz usku suradnju s Ministarstvom regionalnog razvoja i fondova europske unije, Ministarstvom rada i mirovinskog sustava i Ministarstvom uprave.